水族用的「硝化菌」不是單一菌，而是一個菌群總稱；它們要先附著、繁殖形成「細菌膜」，才會進行氮循環與解毒，所以不可能一加就立刻讓水變清澈，必須靠時間養膜。硝化菌屬好氧菌，需要氧氣；若做成液態容易耗氧而死，因此較理想是粉狀並讓菌休眠保存，但即便高菌量也會因封裝而衰亡，正確製程需包含休眠保存流程。
魚缸常見兩類：硝化菌負責把氨氮轉換；能讓水在 24 小時內變清的多是枯草菌等異營菌，靠分解有機物快速繁殖，所以「硝化菌讓水變清」這說法是錯的。枯草菌才是，而枯草菌其實缸內有有機物就容易自然繁殖，不必特別買。
新缸想加速開缸，建議用粉狀硝化菌配合少量放魚、天天補充，可把養膜期從約 20 天縮短到約 3–7 天。系統穩定後只需偶爾補菌，維持強勢菌相避免競爭問題；若換品牌，新舊菌會競爭，做法是連續幾天高頻補充新菌，約一週內完成菌相更替，形成新的良性生物膜。
